Chapter 8 Functional Group Chemistry and Biochemistry vol.2

Chapter8 今日のメモ☆

前回に引き続きChapter 8のメモ。後半戦はBiochemistry（生化学）の部分。
ここでは糖や脂質、たんぱく質などの基本的なお話。

Amino acids（アミノ酸）
 protein(peptide bonds)やenzymeの単量体の単位。自然界ではL体
 zwitterion（両イオン分子）

 側鎖による分類
  - 酸性: aspartic acid, glutamic acid
  - 塩基性: arginine, lysine, histamine
  - 極性・非イオン性: glycine, serine, cysteine(OH), thereonine(OH),
                               tyrosine（C6-OH), aspargine(CONH2), glutamine(CONH2)
  - 非極性・疎水性: alanine, valine, leucine, isoleucine, phenylalanine, methionine, proline, tryptophan

Carbohydrate（炭水化物／糖）
 Monosaccharides
  - ribose (aldose) :5(pentose) RNA, NAD, FAD, ATP, VB12
  - deoxy ribose (aldose) :5 DNA

  - glucose (aldose) :6(hexose) in starch, glycogen, cellulose
  - galactose (aldose) : 6 in lactose
  - mannose (aldose) : 6 in konjac
  - fructose (ketose) : 6 in sucrose

 Oligosaccharides
  - maltose : 2 x glucose(glycosidic bond)
  - lactose : galactose + glucose
  - sucros : fructose + glucose

 Polysaccharides
  - starch (amylose, amylopectin) : glucose
  - glicogen : glucose,  in liver & muscle
  - cellulose : glucose,  in plant cell walls
  - hyaluronic acid : glucuronic acid + N-acetylglucosamine + N-acetylmuramic acid
  - chondroitin sulfate : glucuronic acid + N-acetylgalactosamine
  - heparin : glucuronic acid + glucosamine + iduronate, in lung tissue

Pyrimidines and purines（塩基類）
 Pyrimidine base
  - Cytosine (C) : DNA & RNA
  - Uracil (U) : RNA only
  - Thymine (T) : DNA only

 Prine base 　※「あぐっとプリンを食べる」
  - Adenine (A) : DNA & RNA
  - Guanine (G) : DNA & RNA

Nucleic acid（核酸）
 nucleotide(塩基[pyrimidine, purine base]+糖[ribose, deoxyribose]+リン酸）がbuilding block（構成単位）
 phosphodiester bonds（ホスホジエステル結合）: 5' & 3'- hydroxy group of pentose
 塩基性タンパク質（histone & protamine）やcellular cationに結合
 C=G, T=A, U=Aはそれぞれhydrogen boundingで結合
 DNA : 遺伝子の本体で遺伝情報をもつ, T(tymine)

 RNA種類 : タンパク質合成に関与, U(uracil)
  - mRNA : DNAの遺伝情報を転写したmRNAは、
                 リボソームでタンパク質合成のtemplate（鋳型）となる
  - tRNA : アミノアシルAMP（活性化アミノ酸）と結合して、
               アミノアシルtRNAとなりアミノ酸をリボソームに運ぶ
  - rRNA : リボソームの構成成分。2つのサブユニットからなる（60S, 40S）

Enzyme（酵素）
 proteinの一種でcatalyst（触媒）としての役割を果たす
 apoenzyme : 非タンパク質性分子(cofactor & coenzyme)と結合して触媒作用を発揮する酵素の、
                      非タンパク質性分子を除去したタンパク質部分（不活性）
 prosthetic group : apoenzymeに非タンパク質性分子が共有結合したもの
 coenzyme (or holoenzyme) : apoenzymeに非タンパク質性分子が“非”共有結合した状態で
                                               活性を得たもの

 酵素種類
  - Oxidoreductase（酸化還元酵素） : dehydrogenase（脱水素酵素）, oxidase, peroxidase
  - Transferase
  - Hydrolases（加水分解酵素） : proteolytic enzyme, amylase, esterase
  - Lyase（脱離酵素） : decarboxylase, deaminase
                                 ; removal of functional groups by means other than hydrolysis
  - Ligase（合成酵素） : DNA ligase ; binds nucleotides together during DNA synthesis
  - Isomerase（異性化酵素） ; change from D to L forms

Today's question
- Enzyme(酵素)の問題
Q: Which of the following terms best describes a cofactor that is firmly bound to an apoenzyme?
(A) Holoenzyme
(B) Prosthetic group
(C) Coenzyme
(D) Transferase
(E) Heteropolysaccharide





A: (B) Prosthetic group
Cofactors that are firmly bound to the protein are known as prosthetic groups, whereas those are actively bound(not firmly) to the protein only during catalysis are referred to as coenzyme.